Die erste neuapostolische Familie ist im Jahr 1935 aus Berlin nach Gailingen zugezogen. Diese Glaubensgeschwister gingen in die auf der gegenüberliegenden Rheinseite gelegene Schweizer Gemeinde Diessenhofen in die Gottesdienste. Die Brüder der Gemeinde Diessenhofen haben dann auch in Gailingen Missionsarbeit geleistet, so dass bis zum Jahr 1939 elf neuapostolische Christen aus Gailingen die Gottesdienste in Diessenhofen besuchten.
Bei Kriegsbeginn im Jahr 1939 wurde die Grenze zur Schweiz geschlossen. Die Gailinger Glaubensgeschwister konnten somit nicht mehr die Gottesdienste in Diessenhofen besuchen. Die Gailinger Glaubensgeschwister wurden fortan von Amtsbrüdern aus Singen bedient. Eine inzwischen zugezogene Zöllnerfamilie, welche in der Bergstrasse 15 wohnte, stellte ihr Wohnzimmer für das Abhalten der Gottesdienste zur Verfügung. So kann das Jahr 1939 als Geburtsjahr der Gemeinde Gailingen betrachtet werden. Allerdings konnten in den Kriegszeiten nicht regelmäßig Gottesdienste abgehalten werden.
Im Jahre 1945 zählte die Gemeinde 22 Seelen. Als nach Kriegsende die Grenzen wieder geöffnet wurden, konnten dank des Einsatzes der Brüder aus der Schweiz wieder regelmäßig Gottesdienste gehalten werden. Die Gemeinde ging, wenn die Amtsbrüder aus Singen nicht kommen konnten, nach Diessenhofen.
Im Jahr 1949 war die Gemeinde auf 31 Seelen angewachsen. Das Wohnzimmer in der Bergstrasse 15 konnte die Geschwister nicht mehr fassen. Nach Verhandlung mit dem Bürgermeisteramt Gailingen konnte der Bürgersaal des Rathauses gemietet werden, in welchem auch die evangelische Gemeinde alle 14 Tage Gottesdienst abhielt.
Nun erhielt die Gemeinde Gailingen in Priester Josef Dreher aus Singen offiziell ihren ersten eigenen Vorsteher und wurde somit eine selbstständige Gemeinde. Im Jahr 1955 wurde der Vorsteher Josef Dreher altershalber in seine Heimatgemeinde zurück versetzt und die Gemeinde erhielt in Priester Peter Hangarter aus Konstanz einen neuen Vorsteher.
1958 entschloss sich die Kirchenleitung, in Gailingen eine eigene Kirche zu bauen, denn die Gemeinde war inzwischen auf 52 Seelen angewachsen. Ein geeigneter Bauplatz in der Genterstraße 1 wurde bald gefunden. Am 30. Oktober 1958 konnte durch Bischof Weiß aus Tuttlingen die neue Kirche eingeweiht und der Gemeinde übergeben werden. Im selben Jahr wurde Kurt Schlotterer, späterer Gemeindevorsteher, als Unterdiakon ordiniert.
Im Jahr 1961 erhielt die Gemeinde mit Priester Kurt Stöhr aus Radolfzell einen neuen Vorsteher. Dieser war gleichzeitig auch Vorsteher der Gemeinde Öhningen. Nachdem der Vorsteher Kurt Stöhr 1975 zum Vorsteher der Gemeinde in Konstanz gesetzt wurde, folgte Priester Kurt Schlotterer aus Gailingen als Vorsteher seiner Heimatgemeinde. Im Jahr 1993 zählte die Gemeinde Gailingen 67 Seelen (57 Erwachsene und 10 Kinder).
Priester Kurt Schlotterer wurde nach 26jähriger Amtszeit als Vorsteher infolge Erreichung der Altersgrenze im Jahr 2001 in den Ruhestand versetzt. Im selben Gottesdienst wurde Priester Karl-Heinz Jäckle aus Gailingen zusätzlich zu seinem Vorsteherauftrag in der Gemeinde Öhningen, zum Vorsteher für Gailingen gesetzt.
Die 1958 erbaute Kirche entsprach nicht mehr den heutigen Anforderungen. Vor allem fehlten zusätzliche Räumlichkeiten für die während des Sonntagsgottesdienstes abzuhaltenden Vorsonntagschule und Sonntagschule. Die zusätzlichen Räume werden auch für andere Veranstaltungen wie Konfirmandenunterricht, Religionsunterricht, Jugendabende, Seniorenzusammenkünfte, Gemeindefeste usw. benutzt.
Der am 30. Juli 2001 begonnene Kirchenneubau ist somit auch ein Gemeindezentrum, ein Ort der Begegnung. Nach rund 11-monatiger Bauzeit wurde die neue Versammlungsstätte am 30. Juni 2002 von Apostel Wolfgang Eckhardt geweiht und die Gemeinde konnte in ihr neues Heim einziehen.
Im Jahre 2013 wurde Pr. Karl-Heinz Jäckle in den Ruhestand versetzt und Pr. Heinz Schlotterer als Vorsteher beauftragt.