Anfang der fünfziger Jahre des vergangenen Jahrhunderts war Meersburg noch ein weißer Fleck auf der neuapostolischen Landkarte. Im Auftrag von Bezirksapostel Friedrich Hahn, dem damaligen Kirchenpräsidenten der Neuapostolischen Kirche in Baden, begannen Brüder aus der Gemeinde Konstanz ab dem 11. März 1956 damit, den neuapostolischen Glauben in Meersburg bekannt zu machen und die Menschen zu den Gottesdiensten nach Konstanz einzuladen.
Der erste neuapostolische Gottesdienst in Meersburg wurde am 17. November 1957 in einem alten Rebhaus durchgeführt, das als provisorische Versammlungsstätte hergerichtet worden war. Nach zwei weiteren Gottesdiensten stand dieser Raum nicht mehr zur Verfügung. Da kein Ersatz zu finden war, mussten die Gottesdienste zunächst eingestellt werden.
1960 zogen die Geschwister Stepina nach Meersburg, in deren Wohnzimmer bis 1962 sonntäglich Gottesdienste abgehalten wurden. In dieser Zeit wurde Meersburg durch die Gemeinde Überlingen betreut. Danach verteilten sich die Geschwister auf die Nachbargemeinden oder zogen fort.
Obwohl nun keine Gemeinde mehr vorhanden war, ließ Bezirksapostel Hahn in Meersburg im Allmendweg 10 eine Kirche bauen, die von Bischof Karl Weiß am Freitag, dem 26. November 1965, eingeweiht wurde. In diesem Gottesdienst wurde die Gemeinde Meersburg gegründet und erhielt mit Priester Kurt Müller aus Konstanz ihren ersten Vorsteher.
Von Juni 1989 bis März 1990 wurde die Kirche grundlegend umgebaut und renoviert, wobei die bisherigen Nebenräume durch einen zweistöckigen Anbau ersetzt wurden.
Während des Umbaus fanden die Gottesdienste im Ärztehaus Meersburg in der Daisendorfer Straße 12 statt. Am 11. März 1990 erfolgte die Wiederindienststellung der Kirche durch den Bezirksältesten Kurt Fuchs. In den 1990er Jahren wurde die Kirche mit einer Satellitenempfangsanlage ausgerüstet. Bei Renovierungsarbeiten im Jahre 2002 wurde der Eingangsbereich neu gestaltet und mit einem behindertengerechten Zugang versehen.
Am 10. Mai 2001 besuchte Apostel Wolfgang Eckhardt die Gemeinde und versetzte Priester Kurt Müller in den wohlverdienten Ruhestand. Nachfolger wurde Priester Frank J. Müller, der auch heute noch Vorsteher der Gemeinde ist. Vom 8. März 2006 bis zum 7. Dezember 2011 diente er darüber hinaus auch der Gemeinde Salem-Mimmenhausen als Vorsteher. Seit dem 4. Dezember 2013 trägt er das Gemeindeevangelistenamt.
Besondere Höhepunkte im Gemeindeleben waren die Besuche der Bezirksapostel Willi Wintermantel am 8. Juli 1978 und Michael Ehrich am 23. April 2014. Die Apostel Günter Beck, Herbert Schneider, Wolfgang Eckhardt und Martin Schnaufer erfreuten ebenso regelmäßig die Gemeinde.
Im Jahr 2015 durfte die Gemeinde voller Dankbarkeit auf ihr fünfzigjähriges Bestehen schauen. Hierzu wurden am 3. und 4. Oktober 2015 ein Tag der offenen Tür und ein Gästegottesdienst abgehalten. Am Sonntag, dem 1. November 2015 fand im Neuen Schloss Meersburg ein Jubiläumskonzert mit gemischtem Chor, Orchester und Solobeiträgen statt. Den krönenden Abschluss des Jubiläumsjahres feierte die Gemeinde im Jubiläumsgottesdienst am Mittwoch, dem 16. Dezember 2015, welcher durch Apostel Martin Schnaufer gehalten wurde.