Leider lässt sich nicht mehr genau zurückverfolgen, wann die Gemeinde Stockach gegründet worden ist. Es ist anzunehmen, dass es im Jahre 1938 war und dürfte mit dem Umzug der Familie Karl Bischel im Dezember 1937 von Untermußbach im Schwarzwald nach Stockach in Verbindung stehen.
Die ersten Gottesdienste fanden im Haus der heutigen Firma Farben Prasse statt. Die Gemeinde wurde von Amtsträgern aus der Gemeinde Singen am Hohentwielbetreut. Am 20. Juli 1947 wurde Diakon Bischel in Singen ins Priesteramt berufen und diente dann als erster Gemeindevorsteher den Stockacher Glaubensgeschwistern.
Ab 1948 fanden die Gottesdienste im Haus der Familie Karl Bischel in der Talstraße statt. Der erste Gottesdienst durch einen Apostel wurde vermutlich am 21. April 1948 von Bezirksapostel Hartmann durchgeführt. In diesem Gottesdienst dürfte auch die erste heilige Versiegelung in Stockach stattgefunden haben.
Bezirksapostel Hahn hielt am 6. Mai 1951 im Hotel Adler Post, dem heutigen Bürgersaal, einen Gottesdienst, in welchem der spätere Vorsteher und Evangelist Karl Schmid mit seiner Familie versiegelt wurde.
Am 11. November 1951 fand durch Apostel Wintermantel in Stockach einen Gottesdienst statt, in dem Erich Rennhak und Karl Schmid das Diakonenamt empfingen.
Vier Jahre später (September 1955) konnte in der Dillstraße ein eigenes Kirchenlokal bezogen werden.
Am 27. November 1955 wurden die beiden Diakone Erich Rennhak und Karl Schmid durch Bezirksapostel Hahn in Singen als Priester ordiniert und am 12. Februar 1956 erhielt die Gemeinde in Priester Erich Rennhak wieder einen eigenen Gemeindevorsteher. Bis zu diesem Zeitpunkt war sie von Evangelist Heim versorgt und betreut worden.
In den folgenden Jahren wuchs die Gemeinde stetig, so dass das Kirchenlokal bald zu klein wurde. Dies veranlasste Bezirksapostel Hahn, der Gemeinde ein eigenes Kirchengebäude zur Verfügung zu stellen. Am 11. November 1958 wurde das neue Gotteshaus in der Viktor-von-Scheffel-Straße 3 von Bischof Karl Weiß geweiht und seiner Bestimmung übergeben.
Der Gemeindevorsteher Rennhak hielt am 29. September 1971 seinen letzten Gottesdienst. Priester Lothar Wirth leitete die Gemeinde anschließend kommissarisch bis zum 8. Oktober 1972. An diesem Tag wurde der Gemeinde in Evangelist Karl Schmid wieder einen Vorsteher gegeben. Er diente bis zu seiner Ruhesetzung durch Bezirksapostel Saur am 16. November 1984.
Anschließend war Priester Ingo Ehrich als Gemeindevorsteher gesetzt und ab 6.11.1986 ist Priester Hans-Peter Schmid bis 2010 mit dieser Aufgabe betraut worden.
Priester Karl-Walter Schmid, der bereits seit 1981 Gemeindevorsteher der Nachbargemeinde Bodman-Ludwigshafen war, hat von 2010 bis 2013 die Aufgabe des Gemeindevorstehers mit übernommen und war in dieser Zeit für beide Gemeinden verantwortlich.
Seit Dezember 2013 betreut Priester Stephan Strittmatter die beide Gemeinden als Vorsteher.
Zum 1.1.2015 wurden die beiden Gemeinden Bodman-Ludwigshafen und Stockach durch Apostel Martin Schnaufer zu einer Gemeinde zusammen geführt.
Die Renovierung wurde wie auch der Neubau des Gebäudes mit viel Engagement und Eigenleistung der Gemeindemitgliedern in enger Zusammenarbeit mit den Handwerkern umgesetzt. In der Zeit vom Februar bis August 2016 wurde in sieben Monaten eine umfassende Renovierung vorgenommen. Dabei wurden sicherheitstechnische Maßnahmen, Fluchtwege und auch energetische Optimierungen vorgenommen.
Die Zusammenarbeit der zentralen Bauverwaltung der Neuapostolischen Kirche Süddeutschland in Stuttgart mit dem Gemeindevorsteher hat ein vertrauensvolle und somit auch kostenschonende Umsetzung der Maßnahmen ermöglicht. Nicht nur deshalb wurden auch vorzugsweise ortsansässige Handwerker mit einbezogen. Die Gewerke wurden eng verzahnt in der kurzen Zeit aufeinander abgestimmt und umgesetzt.
Am 1. September hat Apostel Martin Schnaufer im Gottesdienst den Wiederbezug der Kirche mit Weihegebet gefeiert.